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Markus Bartl studierte Schauspiel am Max-Reinhardt-Seminar in Wien bei u.a. Erni Mangold, Samy Molcho, Ferruccio Soleri und Artak Grigorjan. Seit 1990 folgten Engagements u.a. am Burgtheater, am Staatstheater Braunschweig, an den Hamburger Kammerspielen, auf Kampnagel und am Jungen Theater Göttingen. Dort arbeitete er mit Manfred Karge, Elke Lang, Krzysztof Warlikowski und Sebastian Hartmann.
Seit 2004 ist er vor allem als Regisseur tätig. Von 2005 bis 2013 war er Oberspielleiter am Landestheater Niederbayern, wo er auch heute noch regelmäßig inszeniert. Ab 2005 verbindet Markus Bartl eine enge künstlerische Zusammenarbeit mit dem Bühnenbildner Philipp Kiefer.
Er arbeitete auch an der Schwabenbühne Illertissen, am Schauspielhaus Salzburg und am Theater in Kempten. Mit Unterstützung des Goethe-Instituts inszenierte er 2015 seine Theaterfassung von Serghij Zhadans Roman „Depeche Mode“ am Jugendtheater Theater Charkiw in der Ostukraine.
Seit 2017 ist er Dozent an der ADK Regensburg für Regie und Rollengestaltung.
„Der Diener zweier Herren“ ist seine siebte Regiearbeit an der WLB Esslingen.